El volante fue titular en la Tercera división de Nacional que enfrentó a Danubio por la última fecha del Clausura
Facundo Waller se rompió los ligamentos cruzados defendiendo a la selección sub 20 de Uruguay el 21 de mayo de 2017 en un partido del Mundial contra Italia. Pasó todo ese año recuperándose en Plaza Colonia y a principio de 2018 fue transferido a préstamo a Nacional, aún en período de recuperación.
Otra vez, volver a empezar para el volante que no pudo demostrar en Nacional su talento. Hasta este sábado 17 de noviembre que jugó su primer partido oficial con la camiseta tricolor y después de un año y medio de la lesión.
Lo hizo en la Tercera que dirige Martín Ligüera, frente a Danubio en Los Céspedes por la última fecha del Clausura. En el equipo también jugaron Gabriel Neves y Sebastián Rodríguez, integrantes del plantel de Primera división.
Así formó Nacional: Agustín Buffa; Maximiliano Villa, Matías Viña, Facundo Queiroz, Santiago Merlo, Gabriel Neves, Sebastián Rodríguez, Facundo Waller, Leandro Lozano, Agustín Sant'Anna y Maximiliano San Martín. El tricolor perdió 4-0.
Waller fue sustituido y según publicó Carlos Manta, gerenciador de Plaza Colonia, club que es dueño de la ficha de Waller, fue solo por precaución.