Versiones de prensa declaran que el distanciamiento se debe a la religión a la que pertenece el actor.
En mayo de 2016, la prensa sensacionalista publicó que el distanciamiento se debe a la iglesia de la Cienciología –a la que Cruise pertenece desde el inicio de su carrera en Hollywood–.
Katie Holmes (mamá de Suri) se saparó del protagonista de Top Gun tras 6 años de matrimonio y entre las razones que al parecer alegó para hacerlo estaba que quería alejar a su hija de la Cienciología. La actriz deseaba que su niña fuera a colegios tradicionales –la iglesia exigía que estudiara en casa con profesores particulares– y jugara con niños ajenos al culto. Un objetivo que al parecer ha conseguido, pero que ha acarreado un triste efecto secundario: la ausencia de contacto entre padre e hija.
Por el contrario, Tom mantiene una excelente relación Isabella y Connor, los hijos que adoptó junto a Nicole Kidman y que son miembros activos de esta iglesia.