En la etapa reina del Giro del centenario, con 5.400 metros de desnivel y ascensos al Mortirolo, al Stelvio (techo de la presente edición) y al Umbrailpass, antes del descenso a Bormio, Nibali superó al esprint a su compañero de escapada, el español Mikel Landa (Sky).
Quintana entró en solitario a 12 de segundos y aprovechó el mal día del líder para recortarle 2 minutos y 10 segundos a la 'maglia' rosa y colocarse ahora a solo 31 segundos del liderato.
Tercero en la general está ahora Nibali, a 1:12 del holandés, seguido por el francés Thibaut Pinot (a 2:28) y por el ruso Ilnur Zakarin (a 2:40).
Nibali, de 32 años, logró su séptima victoria en el Giro, una carrera que ganó en 2013 y 2016.
El miércoles se disputará la 17ª etapa, entre Tirano y Canazei (219 km re recorrido), con otros tres puertos de media montaña antes de llegar a la estación de esquí de los Dolomitas.