Eduardo Pereira nació el 21 de marzo de 1954. Su actividad deportiva la inició en las inferiores del Club Nacional de Fútbol hasta que en 1974 pasó a jugar al fútbol de Paraguay y luego se fue a España.
Al año siguiente, pasó a Independiente de Argentina donde ganó el campeonato argentino. Tras el Mundial del 90 jugó para Central Español y Liverpool, club en el que se retiró en 1993.
Diferencias con el contador DamianiTras dejar las canchas, Pereira se dedicó al la tarea empresarial siendo representante de una marca internacional de indumentaria deportiva para goleros.
A fines de 2007, Eduardo Pereira protagonizó un incidente con el periodista Rodolfo Pereyra en un programa deportivo del canal VTV. En el estudio se discutía sobre la situación carbonera en aquel entonces cuando el periodista le expresó al arquero: "te fuiste mal de Peñarol", pero "le diste un beso al contador Damiani".
En febrero de 2008, el coordinador deportivo de Peñarol, Juan Pedro Damiani, nominó a Pereira como gerente deportivo del club, cargo que desempeña en la actualidad. Su primeras medidas en su nuevo puesto fueron determinar un riguroso contacto de los jugadores carboneros con los medios y negociar la incorporación del arquero Nicolás Biglianti.
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