Otra causa por la que fue cancelada la autorización para ingresar a EEUU es su actuación como canciller en el operativo que encabezó en 2011, para requisar una valija de comunicaciones de un avión militar de EEUU que había llegado a Ezeiza.Timerman tenía su pasaporte y su visa en regla. Pero en el mostrador de American Airlines se enteró de la decisión del gobierno de Estados Unidos.
Bonadio autorizó a Timerman a salir de su domicilio para su tratamiento médico previa presentación de un "cronograma de visitas médicas programadas" y con la correspondiente autorización del juzgado. Pero rechazó su pedido de excarcelación al considerar "la seriedad del delito y la eventual severidad de la pena prevista" por los delitos por los que fue procesado.
El fallo de Bonadio fue confirmado por la Cámara Federal. Los camaristas Martín Irurzun y Eduardo Farah también pidieron la detención de Cristina Kirchner. Los jueces avalaron la decisión de Bonadio en cuanto al delito de encubrimiento agravado y mantuvieron las prisiones preventivas que había dictado el juez. Es decir que mantuvieron el pedido de desafuero ante el Senado para la detención de la expresidenta y las prisiones para Timerman, Zannini, D'Elía, Esteche y Youssef Kahlil.