Secuenciación del covid-19: se hace como nunca antes, pero igual no alcanza

La publicación de la primera secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 en enero de 2020, al inicio de la pandemia, permitió identificarlo como un nuevo coronavirus y empezar a desarrollar tests de diagnóstico y vacunas.

Desde entonces, decenas de miles de secuencias han sido descargadas en bases de datos públicos, lo que permitió observar las mutaciones con una precisión y velocidad jamás alcanzadas antes.

Gran parte de estas informaciones procede de un solo país: Gran Bretaña.

A mediados de enero GISAID --una importante plataforma para compartir datos, creada originalmente para vigilar la gripe-- había recibido  379.000 secuencias. Entre éstas, 166.000 procedían de  Covid-19 Genomics UK (COG-UK), una asociación entre autoridades sanitarias y centros universitarios.

"Es la primera vez que vemos cómo un agente patógeno evoluciona a esta escala" destaca Ewan Harrison, director de estrategia y transformación en el COG-UK. "Nos damos cuenta de que estas mutaciones se acumulan mucho más rápido de lo que pensábamos"

Actualmente, el programa secuencia 10.000 genomas por semana (6% de los casos conocidos en Gran Bretaña) y el objetivo es duplicar esa cifra.

"Reino Unido supera de largo a todo el mundo" declara Emma Hodcroft, epidemióloga en la Universidad de Berna y codesarrolladora del proyecto internacional de seguimiento del virus, Nextstrain.

Secuenciación, una prioridad
La secuenciación ha identificado preocupantes variantes en Gran Bretaña, en Sudáfrica y en Brasil.

La nueva variante, de propagación más rápida, en Reino Unido es "como una mini-pandemia en el seno de la pandemia" dice el Dr Harrison. Sin una vigilancia sistemática, los científicos no habrían quizá comprendido que "cambia la situación".

La precoz alerta no ha impedido su propagación --decenas de países la han detectado ya-- pero ha permitido a otros prepararse. Sin la advertencia de los científicos británicos, el mundo navegaría a ciegas, coincide Emma Hodcroft.

Otras variantes del virus solamente son visibles cuando se propagan al extranjero desde su punto de origen.

Este mismo mes, por ejemplo,  una nueva cepa, portadora de una mutación denominada  E484K, y que según temen los científicos podría sortear la inmunidad, fue identificada en Japón en personas procedentes de Brasil.

Para la Organización Mundial de la Salud (OMS), una mejor capacidad de secuenciación es una prioridad.

Maria Van Kerkhove, responsable técnica covid-19 de la OMS, calificó recientemente de "increíble" el número de secuencias compartidas hasta ahora, pero lamentó que solo provengan de un puñado de países.

Cuando otro coronavirus, el SARS, empezó a propagarse  2002, sólo tres variantes del genoma fueron compartidos públicamnete en el primer mes, y 31 al cabo de tres meses.

Esta vez, seis genomas estuvieron a disposición de investigadores de todo el mundo pocas semanas después de la aparición del virus. En seis meses, 60.000 ya habían sido publicados.

Un "error de tecleo"
Al principio, el nuevo coronavirus no presentó mucha diversidad genética, indica  Emma Hodcroft, pese a haberse "propagado hacia toda Europa". "Pudimos ver que, al parecer, venía realmente de China, pues todas las secuencias detectadas en el mundo ya estaban en las diversas secuencias chinas" dice a la AFP.

En el verano boreal de 2020, aparecieron nuevas cepas, remplazando las versiones precedentes del virus. Las mutaciones forman parte de la evolución viral y ocurren cuando el virus se reproduce, como si fueran un "error de tecleo", explica la Dr Hodcroft. 

La mayoría de las nuevas cepas no le dan ventaja o fuerza alguna al virus, incluso le son desfavorables. Pero, a veces, una mutación aumenta su carácter infeccioso o provoca una enfermedad más grave.

Cuanto más infecta un virus a la gente, mayor es la probabilidad de mutación, y esa probabilidad crece en una persona cuyo sistema inmunitario está crónicamente debilitado.

Posiblemente sea así como la nueva variante apareció en Reino Unido, y los investigadores secuencian ahora las cepas procedentes de pacientes inmunodeprimidos, explica el  Dr Harrison, de COG-UK.

Para la OMS, la secuenciación mundial ayudará a "comprender mejor el mundo de los agentes patógenos emergentes y sus interacciones con los humanos y los animales en una variedad de climas, ecosistemas, culturas o modos de vida".

Pero la secuenciación a gran escala es compleja en el plano logístico. El instituto Wellcome Sanger, al sur de Cambridge, en Inglaterra, almacena decenas de miles de muestras que recibe cada día en enormes congeladores, y ha concebido toda una infraestructura robótica para clasificarlas y utilizarlas en sus investigaciones.